E’ la più antica fra le chiese di Pabillonis e risale al XIII secolo. In stile romanico con pianta rettangolare a navata unica e volta a botte ha un campanile a vela con doppia campana Gli ultimi scavi effettuati negli anni ‘70 hanno portato alla luce l’antico cimitero del paese. La leggenda di San Giovanni si basa un fatto storico realmente accaduto e cioè la devastazione del villaggio di Pabillonis da parte dei mori.
Nel 1584, infatti i pirati raggiunsero anche il villaggio di Pabillonis, il quale venne attaccato e depredato. Durante questo tragico evento, molti pabillonesi per sfuggire al nemico cercarono rifugio in tutti i luoghi più disparati. Si narra che qualcuno cercò un nascondiglio all’interno e sopra il campanile della chiesa parrocchiale (quella dedicata a San Giovanni Battista).
Un gesto che servì a poco in quanto gran parte della popolazione venne catturata e fatta prigioniera mentre altri, sfortunatamente, vennero uccisi.
Alcuni paesani però riuscirono a rifugiarsi lungo le sponde del fiume Frumini bellu (“fiume bello” in italiano), che scorre poco lontano dal centro abitato di Pabillonis.